В ГКП «Костанай-Су» производственный контроль за качеством питьевой воды осуществляется аттестованной аналитической лабораторией, в порядке, установленном законодательством Республики Казахстан..

Функции лаборатории связаны с организацией проведения измерений показателей качества воды с поверхностных  и подземных источников, технологических процессов обработки воды, воды питьевой и распределительной сети. Контроль соблюдения технологии на всех стадиях производства. Все измерения проводятся в соответствии с требованиями НД.

Качество питьевой воды соответствует требованиям Санитарных Правил №209  от 16 марта 2015 г. «Санитарно-эпидемиологические требования к водоисточникам, местам водозабора для хозяйственно-питьевых целей, хозяйственно-питьевому водоснабжению и местам культурно-бытового водопользования и безопасности водных объектов».

РГУ «Управление охраны общественного здоровья  г. Костанай» осуществляет контроль и проводит плановые и внеплановые проверки качества питьевой воды  и в распределительных сетях города, при которых производится отбор проб на очистных сооружениях ГКП «Костанай – Су» и в водопроводных колонках.